BGP behandelt keine Paketfragmentierungsprobleme in IPv6-Netzwerken, da die IPv6-Spezifikation vorschreibt, dass IP-Pakete nicht fragmentiert werden sollten. Stattdessen sollte der Sender die Paketgröße so anpassen, dass sie innerhalb der maximalen Übertragungseinheit (MTU) des Netzwerks bleibt. Wenn ein Paket, das größer als die MTU ist, vom Router empfangen wird, muss es verworfen und eine ICMP-Nachricht (z. B. “Packet Too Big”) an den Sender zurückgeschickt werden, um ihn darauf aufmerksam zu machen, dass er die Paketgröße reduzieren muss.