FTP selbst handhabt keine Systemprotokollverwaltung. Es verwaltet lediglich die Protokollverwaltung für FTP-Transaktionen. Die Systemprotokollverwaltung erfolgt durch das Betriebssystem oder durch die jeweilige Anwendung, die auf dem System ausgeführt wird. Dies umfasst die Verfolgung von Systemereignissen, Fehlern und Fehlersuche, sowie die Verwaltung von Sicherheitsprotokollen und die Protokollierung von Transaktionen für das Betriebssystem oder die Anwendung.