FTP verwendet eine Kombination aus Benutzername und Passwort zur Authentifizierung. Beim Verbindungsaufbau sendet der Client den Benutzernamen und das Passwort an den FTP-Server, der dann prüft, ob die Anmeldeinformationen korrekt sind. Wenn sie korrekt sind, wird dem Client Zugriff auf das FTP-Verzeichnis gewährt. Das Passwort wird normalerweise verschlüsselt übertragen, um es vor unautorisierten Zugriffen zu schützen. Es gibt auch erweiterte Möglichkeiten zur Benutzerauthentisierung, wie beispielsweise die Verwendung von SSL/TLS-Verschlüsselung oder die Verwendung von Public-Key-Authentifizierung, die sicherer sind als die Standard-FTP-Anmeldung.