TFTP-Pakete werden numeriert, indem eine Sequenznummer im Header jedes Pakets verwendet wird. Die Sequenznummer beginnt bei 0 und wird für jedes weitere Paket um eins erhöht. Durch die Nummerierung kann der Empfänger überprüfen, ob er alle erwarteten Pakete erhalten hat und gegebenenfalls fehlende Pakete erneut anfordern.