BGP no es responsable de manejar la fragmentación de paquetes en las redes IPv6. En cambio, la gestión de fragmentación se maneja a nivel de capa de red en IPv6. El protocolo IPv6 tiene soporte integrado para evitar o minimizar la fragmentación de paquetes a través de la utilización de MTU (Unidad de Transmisión Máxima) Path Discovery y MTU Path Advertisement. Estos mecanismos permiten que cualquier dispositivo en la red IPv6 pueda determinar la MTU máxima de la ruta de comunicación y evitar la fragmentación de paquetes enviando paquetes más pequeños. En general, la gestión de fragmentación en IPv6 es más eficaz que en IPv4 debido a la mayor MTU predeterminada y su uso generalizado.
