El uso de CPU de un servidor FTP puede ser controlado mediante la limitación de la velocidad de transferencia de datos. Esto puede ser logrado a través de la configuración del software de servidor FTP o mediante el uso de herramientas de terceros que permiten la limitación de velocidad. También se puede utilizar el monitoreo y el control de procesos para identificar y limitar los procesos que consumen una cantidad excesiva de CPU. Otra opción es la optimización de la configuración del servidor, incluyendo la eliminación de procesos innecesarios y la reducción de la carga en la CPU asignada al servidor FTP.