IMAP maneja los mensajes marcados como leídos o no leídos mediante un sistema de banderas o etiquetas que se asignan a cada mensaje. Cuando un usuario marca un mensaje como leído, IMAP asigna una bandera o etiqueta correspondiente para indicar que ya ha sido leído. De esta manera, IMAP puede mostrar la lista de mensajes como corresponde, con los mensajes leídos marcados como tal.
Las banderas también se utilizan para gestionar otras características de los mensajes, como si están marcados como importantes, eliminados o archivados. Algunos programas de correo electrónico pueden utilizar banderas adicionales para indicar acciones realizadas sobre los mensajes, como reenviar o responder.
Es importante destacar que las banderas o etiquetas que IMAP asigna a los mensajes se almacenan en el servidor de correo electrónico, por lo que los cambios realizados por un usuario en su aplicación de correo se reflejarán en todos los dispositivos que se conecten al mismo servidor IMAP. Esto permite mantener una sincronización adecuada de los mensajes en todos los dispositivos del usuario.