FTP en sí mismo no proporciona cifrado o encriptación de los datos que se transmiten entre el cliente y el servidor. Esto significa que cualquier persona que acceda a la red puede ver los datos transmitidos, lo que pone en riesgo su seguridad. Sin embargo, existen versiones de FTP que incorporan mecanismos de seguridad, como SSL/TLS, que permiten la encriptación de los datos. Estas versiones se llaman FTPS (FTP seguro) o SFTP (SSH File Transfer Protocol).