FTP non gestisce direttamente la gestione dei registri di sistema poiché essa è compito del sistema operativo in uso. Tuttavia, alcune applicazioni FTP possono scrivere informazioni sui registri di sistema per registrare eventuali errori o problemi operativi. Inoltre, i registri di sistema possono anche essere utilizzati per monitorare l’attività e le connessioni degli utenti FTP al server.