Per OpenVZ, solitamente si consiglia di utilizzare un file system come ext4 o ploop. Ext4 è attualmente il file system consigliato per le versioni più recenti di OpenVZ, grazie alla sua stabilità e affidabilità. Ploop, d’altra parte, è un file system di virtualizzazione più recente sviluppato specificamente per OpenVZ, che fornisce una serie di funzionalità avanzate come snapshot incrementali e migrazione live.