BGP heeft geen directe invloed op de fragmentatie van pakketten in IPv6-netwerken. Het is de verantwoordelijkheid van de IPv6-stack om pakketten correct te fragmenteren en opnieuw samen te stellen wanneer dat nodig is.
Als er problemen zijn met pakketfragmentatie in het IPv6-netwerk, kunnen routers en netwerkapparaten met behulp van BGP mogelijke routes selecteren die de minste kans hebben op fragmentatieproblemen. Dit kan worden bereikt door het configureren van BGP-attributen, zoals de Maximum Transmission Unit (MTU) en Path MTU Discovery (PMTUD), om ervoor te zorgen dat pakketten worden overgedragen op de juiste grootte zonder te worden gefragmenteerd.
Als er zich toch fragmentatieproblemen voordoen, kunnen routers met behulp van BGP signaleren dat er zich problemen voordoen op bepaalde paden en automatisch de voorkeur geven aan andere routes die minder gevoelig zijn voor fragmentatie. Dit kan bijvoorbeeld worden bereikt met behulp van BGP-path-selection-algoritmen, zoals AS-path-prepending of Local Pref, om de belasting van specifieke paden te verminderen en alternatieve paden te bevorderen.
