FTP biedt integraal gebruikersbeheer aan. FTP-gebruikersaccounts worden beheerd door een FTP-server, die deze accounts een gebruikersnaam en wachtwoord toewijst om in te loggen op de server. Binnen een FTP-server kunnen meerdere gebruikersaccounts worden gemaakt en deze accounts kunnen verschillende toegangsniveaus en -bevoegdheden hebben, afhankelijk van de vereisten van de serverbeheerder. Dit maakt het mogelijk om beperkingen in te stellen voor wat elke gebruiker kan bekijken en bewerken en hoe ze de toegewezen bestanden en mappen kunnen openen en beheren. Gebruikersbeheer is belangrijk omdat het ervoor zorgt dat alleen geautoriseerde gebruikers toegang hebben tot de aangeboden FTP-server.
