FTP heeft beperkte mogelijkheden voor netwerkfoutafhandeling. Als er tijdens de bestandsoverdracht een netwerkfout optreedt, kan de verbinding worden verbroken en moet het overdrachtsproces opnieuw worden gestart. Als er echter herhaaldelijk netwerkfouten optreden, kan dit leiden tot een time-out en kan de overdracht niet worden voltooid. Sommige FTP-clients bieden echter hulpmiddelen voor automatische hervatting van onderbroken bestandsoverdrachten, waardoor de overdracht toch kan worden voltooid na een netwerkfout. Ook kan het gebruik van encryptieprotocollen zoals SFTP de netwerkfoutafhandeling verbeteren, omdat daarbij informatie wordt gecontroleerd en opnieuw worden verzonden als er fouten optreden.
