IMAP zelf biedt geen beveiliging van e-mailberichten. Het is echter mogelijk om bij het configureren van een IMAP-server encryptie opties toe te passen, zoals SSL/TLS. Dit zorgt ervoor dat de communicatie tussen de e-mailclient en de server wordt versleuteld en dat berichten niet kunnen worden onderschept door derden die geen toestemming hebben om de inhoud te lezen. Sommige e-mailclients, zoals Thunderbird, bieden ook extra beveiligingsfuncties, zoals GPG/PGP-encryptie. Het is belangrijk om te controleren of de IMAP-server die wordt gebruikt de juiste beveiligingsinstellingen heeft en om een sterk wachtwoord te gebruiken om toegang tot het account te beveiligen.
