LXC (Linux Containers) ondersteunt de volgende soorten bestandssystemen:
1. Btrfs: Het Btrfs-bestandssysteem staat bekend om zijn geavanceerde functies zoals pooling, snapshots en ingebouwde RAID.
1. OverlayFS: OverlayFS is een ‘Union Mount’ bestandssysteem dat de mogelijkheid biedt om meerdere bestandssystemen onder te brengen in een enkel virtueel bestandssysteem.
1. ZFS: ZFS is een gecombineerd bestandssysteem en logisch volumebeheer ontworpen door Sun Microsystems.
1. LVM: Linux Volume Manager is een apparaatmapperframework dat logische volumes beheert, wat meestal aantrekkelijker is dan de traditionele methode van partitioneren van een schijf in één of meer segmenten.
1. Directory: Het is het standaard bestandssysteem dat wordt gebruikt door het besturingssysteem.
Bij het kiezen van een bestandssysteem voor LXC hangt veel af van de specifieke behoeften van de gebruiker, zoals de noodzaak om gegevenscompressie, snapshot en kloonmogelijkheden of ingebouwde RAID-functionaliteit te hebben.