In standalone modus draait MongoDB op een enkele node of server. Alle lees- en schrijfbewerkingen worden uitgevoerd op deze enkele server. Dit is de eenvoudigste manier om MongoDB te beheren, maar het biedt geen hoge beschikbaarheid of gegevensredundantie.
In gerepliceerde modus (replica set modus genoemd) draait MongoDB op meerdere servers of nodes. De gegevens worden gerepliceerd over deze servers om gegevensredundantie en hoge beschikbaarheid te bieden. Als een server uitvalt, kan een andere server in de replica set de werking overnemen, wat downtime voorkomt. Replica sets ondersteunen ook gegevenslezingen van secundaire knooppunten om de leesprestaties te verbeteren. Deze configuratie is complexer om in te stellen en te beheren dan de standalone modus, maar het is noodzakelijk voor de meeste productietoepassingen.
