Een SNMPv3 PDU kan worden versleuteld met behulp van het Encryptie-algoritme, zoals AES (Advanced Encryption Standard) of DES (Data Encryption Standard). Voordat de PDU wordt versleuteld, wordt deze eerst gecodeerd met behulp van het Authentication-algoritme, zoals HMAC-SHA (Hashed Message Authentication Code-Secure Hash Algorithm) of HMAC-MD5 (Hashed Message Authentication Code-Message Digest 5), om de authenticiteit van de bron te verifiëren. De versleuteling gebeurt door de Encryptie-sleutel, die wordt gedeeld tussen de SNMP-agent en de SNMP-manager, te gebruiken om de gecodeerde PDU te versleutelen. De versleutelde PDU kan dan veilig worden verzonden via het netwerk. Aan de ontvangende kant wordt de versleutelde PDU gedecodeerd met behulp van de Encryptie-sleutel en vervolgens ontcijferd met behulp van het Authentication-algoritme om de oorspronkelijke PDU te herstellen.
