TFTP-pakketten worden genummerd met een 16-bits nummer dat is opgenomen in elk pakket. Dit nummer begint bij 0 voor het eerste pakket, en elke volgende pakket krijgt een hoger nummer toegekend. Als het nummer de maximale waarde van 65535 bereikt, begint het opnieuw vanaf 0. Dit nummer maakt het mogelijk dat de ontvanger weet welke pakketten ontbreken en deze kan aanvragen om ervoor te zorgen dat alle gegevens correct zijn ontvangen.
