BGP ne gère pas directement les problèmes de fragmentation de paquets sur les réseaux IPv6. La fragmentation de paquets est généralement gérée par le protocole de couche réseau (IPv6) et le protocole de couche transport (TCP ou UDP) en divisant les paquets en fragments plus petits pour être transmis sur le réseau. Cependant, BGP peut réagir aux problèmes de fragmentation de paquets en ajustant les paramètres de chemin et de routage pour éviter les réseaux qui présentent des problèmes de fragmentation. Par exemple, BGP peut préférer un chemin qui ne nécessite pas de fragmentation de paquets pour atteindre sa destination. Les opérateurs de réseau peuvent également utiliser des politiques BGP pour manipuler le trafic et éviter les réseaux avec des problèmes de fragmentation de paquets.